我國指南和世界其他各國指南中明確說明，卵巢巧克力囊腫在＜4cm時，可以採取觀察隨訪。通常在不影響受孕情況下，此類患者也可以積極受孕。但巧克力囊腫＞4cm以後，則主張進行治療，可以通過手術治療完整剝除囊腫，也有利於術後受孕。

巧克力囊腫手術以後，可能對卵巢有一定程度損傷，所以需要在生殖科對巧克力囊腫進行把控。通常巧克力囊腫＞4cm，甚至巧克力囊腫＞6cm時，才會建議患者進行手術治療。