卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現。子宮內膜異位症常見的臨床表現有經期腹痛，這種腹痛的特點是進行性加重，月經期出現。有的人會隨著時間推移，症狀越來越明顯，有的可以在來月經前期即出現腹痛，月經乾淨以後消失。另外的臨床表現就是月經量增多，還有不孕等。卵巢巧克力囊腫引起痛經的機會比較少，如果有痛經，可能合併有盆腔子宮內膜異位症，行卵巢巧克力囊腫剝除術，巧克力囊腫仍有復發的可能，手術以後仍有痛經的可能。

手術過程中，除了將巧克力囊腫剝除，還應儘量把盆腔內所有的病灶切除，術後復發可能會延緩。術後可以配合藥物抑制異位內膜生長，減輕痛經，還能預防復發，同時還能提高懷孕的可能。一旦懷孕，異位的內膜，包括巧克力囊腫等，可能會處於萎縮狀態，懷孕以後的痛經情況也會減輕。因此，巧克力囊腫患者做完手術，可根據情況選擇自然懷孕或者人工助孕積極懷孕，懷孕以後的症狀也可能會減輕。