卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現。正常的子宮內膜應當生長在宮腔內，因某種原因子宮內膜異位到卵巢上，隨著每個月子宮內膜都會有出血，在卵巢表面的出血越來越多即可形成囊腫。時間一久，血液呈巧克力樣的顏色，俗稱為巧克力囊腫。巧克力囊腫若反覆出血，會對卵巢功能造成影響，導致周圍組織粘連。若發生輸卵管粘連可影響懷孕，應考慮手術治療。手術治療以後仍然有自然懷孕的可能。

手術對手術者有較高要求，而無論怎樣的手術，囊腫剝除的時候多少都對卵巢功能造成一定的影響，因此應更好的保護卵巢功能。常採用水分離、捲髮分離等方法將囊腫剝除，最大限度地保護卵巢功能，儘量保留卵巢組織，則患者卵巢的功能恢復比較好。只有好的卵巢功能，才有較好的妊娠。因此巧克力囊腫的患者請不要擔心，及時就診，多年不孕的患者一定要進行處理。