有了卵巢巧克力囊腫，女性可能不容易懷孕，差不多有一半以上的巧克力囊腫無法自行懷孕，但是也有一部分人可以懷孕，最關鍵的點是疾病的進展過程。在早期，僅僅只是形成巧克力囊腫，沒有破裂，沒有形成盆腔的粘連，這種巧克力囊腫完全可以自然懷孕。

如果發現有卵巢巧克力囊腫，沒有及時去治療，隨著每次來月經，囊腫裡面都有出血、壓力增大，囊腫都會有微破口破開，囊腫裡面的巧克力樣的液體就流到腹腔，形成腹腔粘連，包括輸卵管的粘連，輸卵管傘的閉合、卵巢功能受抑制。隨著病情的逐漸加重，懷孕的幾率就逐漸減小。