巧克力囊腫為卵巢子宮內膜異位造成，常合併有盆腔子宮內膜異位，巧克力囊腫手術為卵巢囊腫剝除和盆腔異位灶清除。手術術後多久備孕要根據手術中異位灶的分佈情況來評價，最好與手術醫生溝通，聽取醫生的建議，在最佳懷孕的時期進行受孕。一般巧克力囊腫剝除後，卵巢需要2-3個月的恢復期，3個月後備孕最好，以免巧克力囊腫復發而影響卵巢和輸卵管的功能，從而影響備孕。但如果巧克力囊腫手術時，發現有嚴重的盆腔子宮內膜異位病灶或者合併子宮腺肌症，一般術後均要使用藥物抑制排卵，抑制月經3-6個月，待病灶完全萎縮後再積極備孕。