卵巢的巧克力囊腫是困擾現代女性的一個婦科常見疾病，發病率據不完全報道高達30-40%。除導致痛經、月經異常外，相當一部分不孕患者往往都合併有巧克力囊腫，所以巧克力囊腫的治療事關重要。因為巧克力囊腫容易和周圍組織粘連，所以手術中一定要辨清周圍組織的解剖，容易損傷的輸尿管一定要將其辨明清楚，粘連較重的可以先將輸尿管遊離，遠離手術區域之後再進行巧克力囊腫的剝除。再者，巧克力囊腫往往與周圍組織有粘連，所以分離的時候一定要儘量小心使用銳性方法，使其和正常卵巢組織分離，對出血部位要及時的電凝止血。手術後巧克力囊腫的治療也事關重要，因為巧克力囊腫的複發率極高，單純的手術剝除之後極有可能導致巧克力囊腫短期復發，所以後續藥物治療非常重要，往往會針對巧克力囊腫術後使用3-6個月的藥物治療，目的就是為了防止巧克力囊腫復發。