巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現形式。正常情況下，宮腔裡有子宮內膜，內膜每個月週期性脫落形成月經。若是子宮內膜種植於子宮腔之外，如卵巢、子宮直腸窩、盆壁、腸壁等，逐漸生長，在發生月經的時候，這個地方也會出血。如果是宮腔裡的子宮內膜，即在位內膜，可能會隨著月經排出去，可是在宮腔之外的內膜，即異位內膜，這種異位內膜出血不會排出，多在局部堆積，特別是在卵巢堆積，並向卵巢內部浸潤構成包塊，這些血塊常年經久的累積變成巧克力樣的膿性陳舊血液，類似於咖啡顏色，即是巧克力囊腫。通常在做手術的時候，把囊腫剝離出來，裡邊會有很多巧克力樣液體流出。巧克力囊腫對病人的影響主要是痛經，晚期會影響患者受孕能力。