尖銳溼疣的治療，應根據疣體的部位和大小，選擇治療方法，可以達到最佳的治療效果，減少毒副作用的發生。但是目前無論何種方法治療都有復發的可能，最好的治療方案是採取聯合的方法，比如藥物治療加物理治療，及免疫療法相結合，能大幅度減低複發率。

患者應該避免性行為，注意洗浴用品及內衣，內褲清潔衛生，避免物品的間接感染。主要的治療方法，物理治療，如激光、冷凍、電燒，大疣體可以手術治療。局部應用咪喹莫特、酞丁安擦劑、與尿道內艾拉光動力療法相結合，治療效果比較好。