由於目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳溼疣的治療必須採用綜合治療，具體如下：

1、治療誘因：如白帶過多、包皮過長、其它性傳播疾病等；

2、藥物治療：包括0.5%的足葉草脂毒素酊、50%的三氯醋酸、5%的咪喹莫特霜、15%的茶多酚軟膏外用；

3、手術治療：對於單發、面積小的溼疣，可以採用手術切除；對於巨大尖銳溼疣，可以用Mohs手術切除；

4、冷凍治療：利用-190℃的低溫液體氮壓凍，促進疣體組織壞死脫落，本方法適於數量小，面積小的溼疣；本方法容易復發。

5、激光治療：通常採用二氧化碳激光燒灼的辦法，治療尖銳溼疣，適用於外陰部位或陰莖、肛周的溼疣；

6、電灼治療：採用高頻電針或電刀切除溼疣，適用於數量少，面積小的尖銳溼疣；

7、微波治療：採用微波治療的手段，利用利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳溼疣直達疣體基底，當看到疣體變小、顏色變暗、則熱輻射凝固完成治療；

8、干擾素治療： 干擾素具有抗病毒及調節免疫作用，僅用於輔助治療。如α或β-重組干擾素，局部或病灶內給藥；

9、光動力療法：光動力療法是利用激光、鹽酸氨酮戊酸等光敏劑與氧相互作用治療尖銳溼疣的新方法，是具有治療率高，副作用小，複發率低的特點，是目前治療尖銳溼疣療效最好方法之一。