先天梅毒主要是使用青黴素治療。對於兩歲以內的早期先天梅毒，可以檢查腦脊液，如果腦脊液正常，用苄星青黴素治療。如果腦脊液異常，用水劑青黴素G或者普魯卡因青黴素G治療。如果沒有辦法檢查腦脊液，可以按照腦脊液異常的治療方法來治療。

對於兩歲以上的晚期先天梅毒，可以使用普魯卡因青黴素G來治療，如果青黴素過敏，可以改用紅黴素治療。