一般腺肌症不會癌變，臨床上很少見，但外在性子宮內膜異位症，如卵巢子宮內膜異位囊腫具有一定的癌變率。手術前子宮內膜異位症CA125高，癌變以後CA125也可以高。CA125是腫瘤標記物，但最終還是需要病理確診。手術後術中病理就可以幫助確定是否癌變，但腺肌症一般癌變幾率較小。腺肌症也可以合併子宮內膜癌，如果有月經不正常，月經期延長，可以通過子宮內膜診刮，送病理化驗。如合併子宮內膜癌，則手術按子宮內膜癌手術進行，但並不是子宮腺肌症癌變。如果病理證實卵巢子宮內膜異位囊腫癌變，臨床上就要按卵巢癌對待，根據卵巢癌做卵巢癌的分期手術。一般全子宮及雙附件、闌尾、大網膜、淋巴結都要做，腹腔沖洗液做全面的分期手術，手術後根據手術病理分期，判斷卵巢癌的早晚期。卵巢癌的治療主要是手術後化療，化療結束後定期隨診，卵巢癌的復發幾率比較高，需終身隨診。