梅毒晚期可以在小腿部位形成樹膠樣腫，鼻中隔骨質破壞，可以形成馬鞍鼻。皮下可以形成纖維結節，呈對稱性，大小不等，質硬，不活動。晚期梅毒主要表現為心血管梅毒以及神經梅毒，心血管梅毒一般主要是主動脈受到侵犯，可以發生主動脈瓣閉鎖不全，引起梅毒性心臟病。

神經性梅毒可以表現為梅毒性腦膜炎、腦血管梅毒、腦膜樹膠樣腫、麻痺性痴呆等，患者可以出現顱內壓增高、頭痛、局部壓迫症狀，有的患者可以表現為感覺異常、共濟失調等。