臨床上對於梅毒的治療，首選的藥物是長效青黴素，但是長效青黴素一般選擇肌肉注射與靜脈注射的方式來給藥，並不應用口服青黴素來治療梅毒。對於青黴素過敏的梅毒患者，可以應用四環素、大環內酯類以及頭孢曲松來進行替代，四環素以及大環內酯類藥物可以通過口服治療梅毒，但是患者絕對不能夠因為害怕別人知道自己感染梅毒，而自己在家中服用抗生素來治療梅毒。

梅毒的治療除了應用抗生素以外，還要密切監測自己的滴度變化，需要根據滴度的變化來調節抗生素的使用。在臨床上一般在患者滴度控制在1∶4左右就可以停藥觀察，而且需要經歷一個比較長的臨床滴度觀察期。