滴蟲性陰道炎在臨床治療方案選擇上需要全身應用甲硝唑藥物，即口服甲硝唑片劑，再加上陰道局部應用甲硝唑栓劑，進行治療。在治療的同時，患者的性伴侶也需要同時進行治療，因為滴蟲性陰道炎是經過性傳播，如果只是患者進行治療，性伴不進行治療，仍然不可能根治。

在治療方案正規的情況下，性伴也同時治療後，對於患者生活衛生、居住環境，也要進行徹底消毒。因為生活的環境裡面如果還有滴蟲，滴蟲性陰道炎仍然會反覆發作。滴蟲較喜歡潮溼陰暗的環境，所以患者居住環境，一定要儘量保證乾燥和清潔，同時患者也要保證局部的衛生，比如經常換勤洗內褲，要用純棉、寬鬆透氣的內褲，有利於避免滴蟲性陰道炎的發生。