急性胃腸炎病因不同，預後也不同。一般而言，少數病毒性感染引起的腸炎可以自愈。但多數胃腸炎由於細菌或者黴菌感染引起，通常不能自愈。部分患者還可能會逐漸加重，進而引起感染性休克，以及體內水電解質平衡紊亂，甚至引起死亡等嚴重後果。如果發生急性胃腸炎，需要及時到醫院就診治療。

急性胃腸炎病因包括病毒感染，如小兒腹瀉，往往是輪狀病毒感染所致。若胃腸炎同時合併感冒，則胃腸炎往往與引起感冒的病毒有關，包括細菌感染，比如大腸桿菌、沙門氏菌等。此外，還有黴菌感染和理化因素，如進食生冷食物等原因，都可以引起急性胃腸炎。