女性發生黃體功能不全時，也有可能懷孕，因為患者還有排卵存在，卵子可與精子相遇形成受精卵，繼而種植到子宮腔裡。但黃體功能不全時，通常孕激素水平較低，此時可能不利於胚胎著床，或胚胎著床後不利於發育，即發生生化妊娠和胚胎停育。

部分女性出現黃體功能不全時，可影響排卵，有時會影響胚胎著床。在月經後半期，應注意觀察孕激素，當女性孕激素水平較低時，應高度懷疑是否有可能出現黃體功能不全。若女性合併不良孕史，即生化妊娠或胚胎停育，應更關注月經後半期的孕激素水平。此時若患者出現孕激素水平較低，就要給予黃體酮補充孕激素。必要時若是懷孕的女性，可適當補充保胎藥，來進行保胎治療。因黃體功能不全的女性，發生懷孕時，臨床上常出現不良孕產史。