幽門螺桿菌感染檢查分侵入性和非侵入性兩種，兩歲以下的兒童考慮進行非侵入性快速尿素酶試驗。臨床常用碳13、碳14檢查，其特異性是77%-100%，敏感度在80-90%左右。

碳14呼氣試驗有一定放射性，不作為兒童首選的檢查項目。碳13檢查，比較快速，而且可以明確孩子是否現在存在幽門螺桿菌感染，也可以作為指導治療的依據。

通過抽血對幽門螺桿菌抗體進行檢查，特異性為70%-80%，只能代表既往是否出現過幽門螺桿菌感染，並不能說明現在是否存在幽門螺桿菌感染，所以該檢查多用於流行病學調查。