功能性障礙性子宮出血的主要原因是排卵障礙，或不排卵、無排卵性的宮血。正常女性規律的月經週期，是卵巢規律、週期性的在每個月經週期，都有一個卵泡發育、排卵。由於優勢卵泡的生長和排卵，導致體內有規律的雌激素和孕激素作用，雌激素和孕激素規律、週期的作用到子宮內膜，表現為規律的子宮內膜剝脫，也就是月經。當卵巢受各種原因的影響，出現排卵障礙，甚至不排卵後，體內的雌孕激素水平會處於紊亂的狀態。

不排卵或排卵障礙的女性，體內的雌孕激素水平較紊亂，沒有週期性變化，子宮內膜會單一的受雌激素作用，而沒有孕激素作用。所以子宮內膜處於長期增殖的狀態，而不能在孕激素的作用下，轉化為分泌期狀態。所以時間長了，會表現為功能障礙性子宮出血。如果做子宮內膜病理，子宮內膜會處於增殖紊亂的狀態，既增殖又分泌，所以功能性障礙性子宮出血的主要原因是排卵異常或不排卵。