功能性子宮出血不是器質性原因，沒有長肌瘤、息肉、囊腫，可通過藥物治療改善症狀，比如口服避孕藥、孕激素，這兩大類藥物可調節、改善內分泌，治療功能性子宮出血。
功能性子宮出血的藥物治療一般是3個月，3個月後停下來看效果，通過正反饋的月經週期以及藥物的幫助下建立正常機制，讓月經自然來潮，再觀察3個月，3個月之後如果每次月經都正常，治療週期就可以結束。