電子腸鏡檢查是內鏡檢查的一種，最常用於結腸病變的輔助檢查。對於兒童而言，常用於以下情況的檢查診斷：
1、原因不明的血便、黏液便，在不同年齡段的孩子，不同時間會出現不同的情況。對於血便和黏液便的類型，我們要做一個初步判斷。在新生兒期較多的是食物過敏以及感染因素。再大一點的孩子，有可能會有腸道的病變如結腸息肉等；
2、對於慢性腹瀉的患兒，長期慢性腹瀉或便秘，以及腹瀉、便秘交替的患兒，要了解腸道結構和黏膜病變，往往是有一些慢性炎症性的疾病在裡面。通過結腸鏡檢查可以瞭解結腸黏膜的病變，以確定慢性腹瀉以及便秘的原因；
3、腸道內異物，腸道內異物可以通過結腸鏡將異物完整的取出，避免了異物對腸道的進一步損害；
4、慢性腹痛，長期慢性腹痛是有多種原因造成的，通過結腸鏡檢查可以排除一些疾病，確定疾病類型，以及引起慢性腹痛的原因；
5、疑似消化道腫瘤者，消化道腫瘤具有隱匿性，往往孩子的臨床症狀表現不完整。通過結腸鏡檢查可以明確腫瘤部位、腫瘤性質，通過內鏡下鉗取可以瞭解腫瘤良惡性程度。內鏡下手術可以完整切除良性腫瘤減少患兒開腹風險。