對於先天性心臟病，目前發病原因並非十分明確，主要有外在因素和內在因素。但只是目前醫療推測，並非較明確的成因。臨床曾經見過家族性先天性心臟病聚集的病例，一個家庭有3個孩子，均為先天性心臟病，所以不排除先天性心臟病有遺傳傾向。

但建議家長只要在孕早期，儘量要避免病毒感染，感染性因素如毒物、輻射，或放射線物質，需減少接觸上述導致先天性畸形的成因。所以建議若為第一胎，要嚴格進行產檢。若曾經有先天性心臟病孩子的經歷，後續懷孕時要進行胎兒心臟篩查，以防出現此疾病的家族聚集性。