先天性心臟病分很多類，如左向右分流的先天性心臟病，以及室間隔缺損、房間隔缺損、動脈導管未閉等先天性心臟病。由於存在分流，所以肺血增多，導致肺動脈壓力增高，也就是臨床所說的肺動脈高壓，能否治療需分情況討論，具體如下：

1、如果得到及時、有效的治療，分流中止後，肺動脈高壓會逐漸降至正常；

2、如果錯過最佳手術機會，肺血管損害發生後，肺動脈壓力會逐漸升高，即使做手術，遠期的肺動脈壓力也不可能降到正常。甚至有些肺動脈壓力升高到很高後，可能會引起遠期出現問題，如右心功能不全，甚至出現咯血等；

3、先天性心臟病可能會合並原發性肺動脈高壓，這時肺動脈高壓和先天性心臟病沒有因果關係。雖然先天性心臟病可能得到根治，但是原發性肺動脈高壓不會隨著先天心臟病的矯治而改善。

如果小兒先天性心臟病與肺動脈高壓存在因果關係，先天性心臟病治療後，肺動脈高壓可能會得到矯治。對於原發性肺動脈高壓而言，即使先天心臟病得到治療，肺動脈高壓也不會降至正常。