先心病可以接種卡介苗，為了更好保護先心病兒童，提倡在儘可能情況下積極為兒童進行計劃免疫，即打預防針。此類疫苗包括卡介苗、脊髓灰質炎疫苗、百日咳疫苗、白喉疫苗、麻疹疫苗等。絕大多數情況下，先心病並不是預防接種的禁忌證，但發生發熱、腹瀉、肺炎時不能接種疫苗，可以在疾病恢復後再補種。

先心病手術以後患兒恢復較好，無感染症狀或腹痛、腹瀉、蕁麻疹等感染表現或異常情況，一般推薦手術以後3個月進行疫苗常規接種。部分患兒接種以後會出現不良反應，如發熱或局部皮膚紅腫等，發生率與正常兒童相同，一般無需特別處理，過一段時間即可逐漸消失。