複雜性先天性心臟病主要針對簡單性先天性心臟病而言，臨床將法洛氏四聯症、右室雙出口、大動脈轉位、單心室等疾病稱為複雜性先天性心臟病。此類心臟病可伴隨患者終生，基本無法通過手術治療獲得痊癒，仍可引起心律失常、心衰、高血壓等異常，後期甚至需進行起搏器植入或心臟移植。

總體而言，多數複雜性先天性心臟病患者預後效果較差，壽命較短，通常30-50歲即可出現異常。