先天性心臟病主要因心臟胚胎髮育階段發育畸形導致。個別先天性心臟病可能與基因存在一定關係，但並非代表先天性心臟病與遺傳相關，因此先天性心臟病患者通常無需擔心遺傳下一代。

通常情況下，簡單性先天性心臟病基本無法影響患兒的生長發育及自然壽命。但部分複雜性先天性心臟病患者處於妊娠期時，需聽從醫生建議，並完善檢查進行相應評估。