多數先天性心臟病患者需進行外科手術干預，手術方式主要為解剖糾治及功能矯治。

部分微小房間隔、室間隔缺損患者可先行觀察，待心臟出現勞損或形成肺循環高壓時再行手術治療。而部分缺損較大或心內畸形較複雜患者應儘量進行手術治療，否則短期內可喪失手術機會，具體包括心臟解剖結構變化、肺循環阻力變化。此外部分新生兒需出生後即刻接受先天性心臟病矯治手術。