先天性心臟病是指在胎兒時期，由於感染或者基因改變，所造成的組織結構和功能異常的疾病。它的分類主要依賴於累及部位，根據具體的結構變化而定，比較常見的先天性心臟病包括房間隔缺損、卵圓孔未閉、室間隔缺損、法洛式四聯徵或三聯徵、動脈導管未閉、主動脈瓣畸形、二尖瓣畸形、肺動脈瓣狹窄，包括二尖瓣、三尖瓣狹窄、關閉不全或者位置移動，以上是比較常見的結構性心臟病。

此外，還可能是累及到心肌組織的先天性心臟病，如肥厚性心臟病，它常常是由於基因編碼出現了錯誤，從而引起來結構改變。也有某些心臟離子通道病，通常也是由於基因突變所造成，主要表現是在某一個時期出現了心律失常，尤其是惡性心律失常，會導致病人猝死，有時候病人貌似健康，在某些誘因，如運動或者情緒激動，甚至毫無誘因的狀況下，可能出現惡性心律失常，從而導致病人猝死。