先天性心臟病治療時機不一樣，出生以後要明確檢查是否有先天性心臟病，而且確定先天性心臟病類型。有的先天性心臟病患兒需要早期手術，甚至在新生兒期就要做手術。比如室間隔完整型大動脈轉位，患兒出生以後需要很快手術，即半個月內進行手術，手術晚可能會出現的危險情況。

但部分疾病可以適當晚些進行治療，常見的室間隔缺損、房間隔缺損，比較小的房間隔缺損或比較小的室間隔缺損一般不會引起血流動力學改變，不會影響患兒發育，有自愈可能。所以可以臨床觀察，加強護理，定期複查到半歲左右做手術。