新生兒的先天性心臟病有不同類型，對於室間隔完整性大脈轉位，或部分合並比較小的室間隔缺損，需要早期手術，即在新生兒期手術。新生兒期手術術後恢復基本上和正常成人無區別，但要注意新吻合口是否會出現反流、是否出現再狹窄。

對於比較大的室間隔缺損，早期肺血比較多，肺炎較重，甚至會引起呼吸衰竭，要在新生兒期做手術。對於單純室間隔缺損，新生兒期做手術，1-2個月恢復後和正常孩子無區別。