心房纖顫的治療應儘量尋找引起房顫的基本病因並加以治療，如糾正心臟瓣膜病變、糾正低血壓、改善心功能、緩解心肌缺血、控制甲亢等；消除易患因素，如甲狀腺功能亢進、高血壓等，轉復和維持竇性正常心律；預防心房纖顫的復發；控制心室率；預防栓塞併發症，減少病殘率，提高患者生活質量，延長生命。
房顫病因治療至關重要，積極治療原發性心臟病才容易使房顫轉復為竇性心律，並使之轉復後長期維持正常的心率。即使不能治癒病因，能解除血流動力學異常也很重要。在冠心病、高血壓、心肌缺血等情況下，如改善心肌缺血，糾正心力衰竭，血壓控制良好，房顫轉復的機會增大，並能長時間維持正常的竇性心律。風溼性心臟病二尖瓣狹窄並房顫的患者實施外科手術去除病因後，許多患者能在復律後長期維持正常的竇性心律。
藥物治療包括藥物復律、控制心室率、預防房顫的復發。已經不適合藥物轉復或藥物及電覆律轉復失敗的老年患者，治療目的是控制心室率。控制心室率的藥物包括地高辛、β受體阻滯劑、鈣通道阻滯劑以及非藥物治療等。預防房顫復發及復發後竇性心律的維持，應根據臨床原則維持藥物抗凝治療。
非藥物治療包括同步直流電覆律、射頻消融、冷凍消融治療、左心耳結紮或封堵或切除、起搏治療等。