動脈導管未閉治療後的併發症根據不同的治療方案來分析，比如介入治療之後，因為需要吃3-6個月的阿司匹林抗凝的藥物，所以術後可能會出現相應的比如消化系統的出血。另外，因為畢竟是放了封堵器進去，有可能會出現封堵器脫落，如果動脈導管比較粗大，放的封堵器型號偏大，早期會出現血小板消耗，可能會出現凝血功能異常，這是介入治療的併發症。

如果是通過外科開胸，不管是結紮還是切斷縫合也有併發症，切斷不會出現再通，但是如果開胸結紮可能會出現結紮後再通的問題。另外，因為位置的問題可能會損傷到左側喉返神經，後期可能會引起喉返神經功能失常，引起說話聲音嘶啞、飲水嗆咳。