通常如果進行藥物流產，沒有失敗或殘留導致清宮，總體安全度比人工流產更高，對身體的傷害較小。人工流產與無痛人流都可能有術中或者術後的併發症，如果手術中出現子宮穿孔，導致術中出血、宮頸裂傷，會導致人流綜合徵發生。如果人流過程中出現子宮內膜損傷，術後可能出現宮腔粘連，導致月經量減少、閉經，甚至不孕。術後感染可能導致子宮內膜炎、輸卵管炎、盆腔炎，可能導致慢性盆腔炎症、不孕症或宮外孕的發生。

藥物流產一般可以順利實施，如果沒有藥流失敗或藥流後殘留導致清宮，藥物流產總體出現併發症的可能性要比人工流產小。因此如果沒有藥物流產禁忌證，可以考慮選擇藥物流產。但藥物流產並非100%安全，藥流也可能會藥流失敗，又或者出現藥流殘留而導致清宮，同時藥物流產之後，陰道出血時間要比人工流產稍長，可能導致流產後貧血發生，因此建議不要進行沒有指徵的人工流產或者藥物流產。