室間隔缺損手術為較常見的先天性心臟病手術，手術風險需進行個體化分析，如出生體重約在3kg的新生兒，手術風險相對較高。首先新生兒的心肌未成熟，其次對麻醉耐受程度和正常兒童不同。

新生兒對醫生手術精細度的要求較高，年齡較合適、體重偏大的兒童，可根據病情選擇手術方式，如封堵術或開刀手術，因此手術風險相對會比較輕微。根據目前主流數據顯示，新生兒室間隔缺損手術的死亡率可控制在1%以內，而年齡較大的兒童行室間隔缺損手術，風險基本接近於0%。