乳房部位如果出現扁平疣，通常可以選擇局部以及系統用藥的方式來治療。局部用藥的方式有很多辦法，通常可以選擇具有角質剝脫的藥物，或者具有細胞毒性的藥物，但是此類藥物對正常皮膚均有一定的刺激，應該在應用過程中僅塗抹在疣體部位。

可以選用的藥物包括3%的雷瑣辛溶液每日1-2次外用，也可以選用0.5%的鬼臼毒素酊劑每日兩次外用，還可以應用0.025%的維A痠軟膏每日兩次外用，或者3%的酞丁安膏劑每天晚上用一次。在抗病毒藥膏方面，可以選擇咪喹莫特軟膏每日兩次塗沫。