腋下長扁平疣並沒有什麼危害，因為大部分扁平疣對身體健康的影響很小，主要是在美觀方面的影響。

需要注意的是扁平疣屬於病毒感染，病情的輕重和患者自身的免疫力息息相關，如果患者的扁平疣久治不愈或反覆發作，也是間接提示患者的身體素質比較差、整體健康狀況不佳的信號，可以去醫院做系統的體檢排查其他疾病，比如病毒性肝炎、HIV等。

另外，在生活上要注意休息、適當鍛鍊，提高自身的抵抗力，不和他人共用毛巾、臉盆等生活用品。