扁平疣變紅、變大，考慮進展期的可能比較大，此時皮疹數目驟然增多，出現面積擴大以及瘙癢的感覺。

此時如果有外傷或抓傷史，可以沿傷痕部位出現扁平疣的同形反應，出現沿破損部位排列的扁平丘疹。在臨床治療方面可以外塗重組人干擾素α2B軟膏、咪喹莫特軟膏，抗病毒治療。

如果仍舊未有明顯緩解，需要肌注卡介菌多糖注射液，以便提高機體的免疫能力，增強抗病毒能力。還需要應用液態氮冷凍、電離子灼燒的方式破壞疣體，促進病情好轉。