少數扁平疣患者可以自愈。

該病是病毒性疾病，醫學上很大一部分病毒性疾病都有自愈性。比如感冒是病毒性疾病，7-8天左右可以自然好，扁平疣也確實存在這種情況。當抵抗力很強，病毒數量不多或毒力不強時，就有自愈可能。但相反也可能復發，通過一定手段治療治癒後，當患者抵抗力下降，病毒數量比較多，毒力比較強時，則有復發可能，所以復發和自愈是由多種因素決定。臨床確實有很多病人沒有經過治療，自己就痊癒，就是因為自身抵抗力增強了。

按照中醫觀點，正氣存內，邪不可幹，但扁平疣是一種病毒感染，所以自愈這種情況是少數。如果處於進展期時，一不注意可能越發越多，越發越大，開始可能只有1-2顆，後來發展到全臉，後來發展到手背、上臂，甚至全身都有可能。