去除扁平疣的方法有以下幾種：

1、局部注射轉移因子：扁平疣是一種病毒感染，可以注射轉移因子等來提高人體免役功能。這是間接性治療，不能直接去除扁平疣。但是可以提高機體免疫力，從而起到間接去除扁平疣的作用。

2、激光治療：利用激光光熱效應，破壞疣狀增生物。再外用干擾素凝膠修復皮膚進一步抗病毒防止感染，激光可以直接將疣體去除。但是激光術後需要外用防曬霜，注意防曬，防止留下色素沉著。

3、注意飲食：休息，忌菸、忌酒，不能吃辛辣、油膩、刺激的食物，多吃蔬菜和水果補充維生素，尤其是VitB6等，提高免疫力，個人免疫力高以後部分的扁平疣可以自己消退。