法洛四聯症術後併發症多由術後恢復不佳導致，也與患兒個體病情程度有關，具體如下：

1、瓣膜反流量加大：患兒術後若出現瓣膜反流量加大，短期內可影響心功能；

2、抽搐、腦出血：由於術中需要體外循環麻醉，因此可出現抽搐、腦出血等併發症。若症狀較輕，經治療後多數可以治癒；

3、傳導阻滯：因右室流出道需要疏通，切除肥厚肌肉，可導致術後右束支傳導阻滯發生率較高。另外，縫合時缺失也可導致術後Ⅲ度房室傳導阻滯，進而造成心率較慢，有時在40次/分左右。心輸出量在心率是40次/分左右時不夠孩子的身體需要，一般需要放臨時起搏器，連接起搏器起搏正常心率，一般使用兩週左右，大部分孩子會在兩週左右恢復正常的竇性心律，如果不能恢復正常竇性心律，需要安裝永久起搏器；

4、術後低心排：即術後心功能較差，因為手術相對複雜，手術時間較長，右室流出道疏通要切開心臟肌肉，所以對心功能影響較大，表現為術後心臟跳動無力、血壓低、心率快，需要應用強心藥物性多巴胺、米力農甚至腎上腺素維持或者改善心功能；

5、殘餘分流：個別病例出現縫線撕裂、殘餘分流，一般小的分流不用處理，大部分孩子在將來長大以後會長好，而對於較大的殘餘分流，可能需要再次手術修補。