扁平疣變紅說明處於急性進展期，此時皮疹迅速增多，時常伴有新發皮疹，尤其在外傷或者擦傷之後，沿傷口部位出現新發的皮疹。如果過度的搔抓，還會引起扁平疣繼發細菌感染的情況，除變紅以外，還可以出現周圍的紅腫，按之壓痛等情況發生。

此時需要抗感染治療，口服阿奇黴素幹混懸劑或者羅紅黴素膠囊，外用克林黴素磷酸酯凝膠或者夫西地痠軟膏。待皮疹變紅、消失之後，應用重組人干擾素α2b軟膏塗抹，抗人類乳頭瘤病毒感染治療。