臉上的扁平疣可以用激光或者外用藥物治療，激光主要包括電離子、二氧化碳點陣激光、調Q點陣激光等等。外用的藥物主要包括干擾素凝膠、咪喹莫特乳膏、斑蝥素乳膏等等。臉上的扁平疣很多，考慮與抵抗力降低有關係，如果免疫力比較低，建議口服提高免疫力的藥物，比如轉移因子膠囊、轉移因子口服液、貞芪扶正膠囊、貞芪扶正顆粒。

也可以肌注調節免疫力的藥物，比如卡介菌多糖核酸注射液、胸腺五肽、白介素等等。同時，注意避免用手摳扁平疣，因為這是由人乳頭瘤病毒感染引起來的，如果用手摳，可以傳染到身體其他部位。