咪喹莫特乳膏在臨床上可以用於去扁平疣。這種藥膏是採用5%的製劑，主要是以軟膏的製劑直接外塗於感染的扁平疣部位。一般一週可以使用三次左右，大多是採用間一天外塗一次，直接塗抹於皮膚部位。它的作用機理主要是誘導感染細胞的α干擾素，從而直接的抗病毒，起到這樣的作用。

但是由於個體差異，有的人對咪喹莫特乳膏膏並不敏感，所以在治療扁平疣的時候，有的人效果也並不是太理想。這個時候可以採用其他的治療方式，比如採用免疫調節劑進行治療，如注射干擾素等。