絲狀扁平疣主要是由於人類乳頭瘤病毒感染引起的，在治療上首先應該進行抗病毒治療，可以外塗咪喹莫特軟膏，或者重組人干擾素α-2B軟膏進行治療，也可以塗抹維A痠軟膏或者他扎羅汀乳膏進行治療。同時可以應用中藥湯劑口服的方法，主要的組成成分是板藍根、大青葉、紅花、赤芍、木賊、香附等，煎水200ml，每日兩次。

可以把剩餘的藥渣再次煮水，用無菌棉籤蘸取藥液，輕輕的擦拭患處，也可以起到治療的作用。同時需要配合西藥的免疫調節藥物，如胸腺肽腸溶膠囊或者匹多莫德口服液，提高機體的免疫能力，加強抗菌、抗病毒的能力。