治療扁平疣的藥膏，包括如下：

1、抗病毒的軟膏，比如重組人干擾素α-2b軟膏、咪喹莫特軟膏。

2、去角化的藥膏，比如維A痠軟膏、他扎羅汀軟膏。在治療期間還可以口服匹多莫德口服液、香菇菌多糖片這樣的免疫調節類藥物。

還可以口服中藥，主要成分包括馬齒莧、紅花、赤芍、板藍根、大青葉、木賊、香附煎水200ml，2次/日口服。另外，還可以選擇冷凍、電離子、二氧化碳灼燒術這樣的方法來進行物理治療，在治療期間需要塗抹夫西地酸乳膏，以預防相應的感染情況發生，並且扁平疣有外傷或者搔抓抓破，以免引起同形反應，促使皮疹的加重和擴散。