扁平疣初期如果疣體數量不多，可以暫時不用治療，身體抵抗力強時疣體可以自行消退，如果怕疣體增多、增大，可以到醫院用激光、微波去除。如果疣體數量多用干擾素凝膠、鬼臼毒素酊、維A痠軟膏擦患處，口服胸腺肽、轉移因子膠囊等增強身體抵抗力的藥物治療。

由於本病是病毒感染所致，有傳染性且可以自行接種，在治療期間患者的生活用品與貼身衣服要和其他人的分開，防止交叉感染，因局部瘙癢用手搔抓疣體後，需要將手清洗乾淨再接觸身體其它部位，防止病毒感染其它部位的皮膚使其擴散。治療期間加強鍛鍊，不吃辛辣、油炸、海鮮等刺激性食物，可防止扁平疣增大、增多，有輔助治療作用。