法洛氏四聯症是遺傳和環境因素等複雜關係相互作用的結果，下列因素可能影響到胎兒的發育而產生先天性的畸形：

1、胎兒發育的環境因素：感染，妊娠前三個月患病毒或細菌感染，尤其是風疹病毒和柯薩奇病毒，其出生的嬰兒先天性心臟病的發病率較高。其它如胎兒受壓、妊娠早期先兆流產，母體營養不良、糖尿病、高血鈣，放射線和細胞毒性藥物在妊娠早期的應用，母親年齡過大均有使胎兒發生先天性心臟病的可能；

2、遺傳因素：先天性心臟病具有一定程度的家族發病趨勢，可能因父母生殖細胞、染色體畸變所引起的。遺傳學研究認為，多數的先天性心臟病由多個基因與環境因素相互作用而形成；

3、其它因素：有些先天性心臟病在高原地區較多，有些先天性心臟病有顯著的男女性的性別差異，說明出生地海拔高度和性別也與本病有相關性。