正常人的糞便中含有大量的細菌，糞便標本檢驗必須是從混有大量正常菌的菌群中選出病原菌，此時則需注意糞便的正確採集和運送，以提高檢查的陽性率。
常規檢測的病原菌，包括沙門菌、志賀菌、彎曲菌，對於濱海城市的實驗室，還應檢查氣單胞菌和弧菌，對於血性糞便注意分離O157型的細菌。除以上細菌，通過大便培養可以分離到的病原菌，還有小腸結腸炎耶爾森氏菌、鄰單胞菌、致病性大腸桿菌、遲緩愛德華菌、蠟樣芽孢桿菌、艱難梭菌、葡萄球菌、產酸克雷伯桿菌等；真菌的培養，少量的真菌孢子存在於糞便內，但是真菌性腹瀉多繼發於抗生素治療後的菌群失調，多為白色念珠菌。
細菌類型不同，選取的培養基也不同，如急性腹瀉，接種於SS和麥康凱平板，35℃培養18-24小時；致病性的埃希菌，可以使用中國藍平板35℃培養18-24小時；霍亂弧菌及副溶血弧菌，取1mL水樣便接種於鹼性蛋白腖水中，35℃培養4-6個小時後，取菌膜或者培養液接種於TCBS平板35℃條件培養24-48小時即可。