法洛四聯症的根治手術與房間隔缺損或者室間隔缺損、動脈導管未閉手術有非常大的不同。法洛四聯症的手術風險是因為解剖畸形的複雜程度，而且法洛四聯症的根治手術所謂的根治，和室缺、房缺的根治不是同一概念。因為法洛四聯症的根治手術當中，包含了室間隔缺損的修補，還包括右心室流出道肌肉挖除和疏通，以及肺動脈的擴大。另外，是自體肺動脈瓣環發育的大小。如果自身肺動脈瓣發育比較小，需要通過跨瓣切口在前方用補片進行充分的擴大，涉及到肺動脈瓣的保留問題。如果肺動脈瓣環偏小，需要使用常規的跨瓣環補片去擴大，在手術之後是存在肺動脈瓣反流。所以，法洛四聯症的根治手術會造成肺動脈瓣反流，會造成遠期對右心室功能的影響，並不是徹底根治性手術。一部分孩子在中年期之後，或者成年以後，逐漸發生右心功能不全的表現，甚至要再次手術進行干預。