幽門螺旋桿菌感染後，其治療方案有所不同，是在逐漸變遷的進程中。首先幽門螺旋桿菌最早是採取三聯療法，即一種PPI加上兩種抗生素，先服用PPI，把胃酸的水平抑制到一定程度，再通過吃抗生素去維持，一般是吃10-14天。後期發現鉍劑對幽門螺旋桿菌的治療效果很好，因為死亡的幽門螺旋桿菌含有大量的鉍劑，而沒有死亡的幽門螺旋桿菌沒有鉍劑。
後來把鉍劑也列入治療方案之中，主張幽門螺旋桿菌的四聯療法，即一種PPI加上一種鉍劑，主要果膠鉍，再加上兩種抗生素，服用方法都為2次/天。但是鉍劑和PPI不能同時吃，因為鉍劑對PPI有絡合作用，會減輕PPI的藥效，一般分開吃，兩種抗生素可同時吃。兩種抗生素現在用的比較多的是阿莫西林，服用劑量是1g/次，2次/天，克拉黴素0.5g/次，2次/天，這兩種藥可以同時吃，一般在飯後半小時以後再吃。前兩種藥在飯前吃，在飯前提前0.5-1.0小時左右吃，這樣會比較合理，這個四聯療法是最基本的方案。如果有人出現藥物過敏，根據醫生的醫囑隨時調整，因為抗生素有副作用，故一定要在醫生的指導下調整用藥。