幽門螺旋桿菌是否可以自愈，目前暫不明確，並沒有研究表明其可自行治癒。但是通過大量臨床觀察顯示，幽門螺旋桿菌在成人中感染以後，發現沒有通過治療，有時檢測會出現陰性或者檢測時已經沒有陽性指標。但是抽血中會查出幽門螺旋桿菌抗體是陽性，則提示曾感染過幽門螺桿菌，但並沒有經過系統的治療。
如果幽門螺旋桿菌通過呼氣檢測出現陰性，可認為幽門螺旋桿菌可以通過自身體內的免疫系統被殺滅掉，不再存在，所以不要太緊張。幽門螺旋桿菌往往在成人出現，兒童感染的可能性較小，因為兒童免疫系統發育不成熟，感染幽門螺旋桿菌估計要經過一段時間，因此臨床上並不主張兒童積極抗幽門螺旋桿菌治療。